Ἄλλα ἀξιοσημείωτα γεγονότα ἀπὸ τὴν ἀντιαιρετικὴ καὶ ὁμολογητικὴ δράση τοῦ Ὁσίου Παϊσίου.
Ἡ πίστη καὶ ἡ βεβαιότητα τοῦ Ὁσίου Παϊσίου γιὰ τὴν ἀλήθεια τῆς Ὀρθοδόξου Πίστεως δὲν προέρχονταν ἀπὸ λογικὲς διεργασίες καὶ ἐπιχειρήματα. Ἦσαν ἐμπειρικές, βιωματικές. Τοῦ ἐμφανίσθηκαν πολλὲς φορὲς ὁ ἴδιος ὁ Χριστός, ἡ Παναγία, ἡ Ἁγία Εὐφημία, ὁ ὅσιος Ἀρσένιος ὁ Καππαδόκης, γιὰ νὰ ἐνισχύσουν τὴν πίστη του καὶ νὰ τοῦ δώσουν λύσεις σὲ θεολογικὰ καὶ πνευματικὰ προβλήματα ποὺ τὸν ἀπασχολοῦσαν.
Στὰ νεανικά του χρόνια, σὲ ἡλικία δεκαπέντε ἐτῶν, ἀθεϊστικὰ κηρύγματα καὶ ἡ θεωρία τοῦ Δαρβίνου γιὰ τὴν ἐξέλιξη, ποὺ τοῦ ἀνέπτυξε μεγαλύτερος συγχωριανός του, τὸν ἀνάγκασαν νὰ ζητήσει λύση στὴν προσευχή, μὲ τὴν σκέψη «ἂν ὁ Χριστὸς εἶναι Θεός, θὰ μοῦ παρουσιαστῆ νὰ πιστέψω. Μιὰ σκιά, μιὰ φωνή, κάτι θὰ μοῦ δείξει». Καὶ πράγματι τοῦ παρουσιάσθηκε ὁ ἴδιος ὁ Χριστός, ὁ ὁποῖος τὸν κοίταξε μὲ πολλὴ ἀγάπη καὶ τοῦ εἶπε: «Ἐγώ εἰμι ἡ ἀνάστασις καὶ ἡ ζωή. Ὁ πιστεύων εἰς ἐμὲ κἂν ἀποθάνῃ ζήσεται». Οἱ λογισμοὶ ἀμφιβολίας ποὺ εἶχε ὁ δεκαπενταετὴς Ἀρσένιος διαλύθηκαν ἀμέσως καὶ στερεωμένος στὴν πίστη μονολογοῦσε ἀναφερόμενος στὸν ἄθεο συγχωριανό του: «Κώστα, ἅμα θέλης τώρα, ἔλα νὰ συζητήσουμε». Καὶ ἐπειδὴ γίνεται λόγος γιὰ ἀθεΐα καὶ ἀθέους ἀξίζει νὰ ἀναφέρουμε τὴν στάση του ἀπέναντι στὸν μεγάλο ἄθεο συγγραφέα Ν. Καζαντζάκη, τὸν ὁποῖο δυστυχῶς, λόγῳ ἀκρίτου τοπικισμοῦ, τιμοῦν πολὺ οἱ συμπατριῶτες του Κρῆτες, ἀκόμη καὶ ἀρχιερεῖς, υἱοθετώντας καὶ ἐνισχύοντας τὶς κατὰ τῆς πίστεως βλασφημίες του, ἀλλὰ καὶ κάποιοι ἄλλοι ἐλευθερόφρονες καὶ «προοδευτικοί» θεολόγοι.